Endoskopia spoczynkowa jest bardzo często wykonywana u koni. Jest to spowodowane faktem, że badanie to dostarcza bardzo wielu informacji a można je wykonać u konia czasem nawet bez sedacji, ponieważ wykonujemy je przez nos, koń nie ma odruchu wymiotnego więc nie jest to dla niego takie przykre jak dla ludzi, ponadto średnica dróg oddechowych konia jest na tyle duża że koń nie będzie się przyduszał podczas badania jak to ma miejsce u ludzi. i małych zwierząt. Endoskopia spoczynkowa najczęściej jest wykorzystywana do badania przyczyny kaszlu czy zaburzeń górnych dróg oddechowych.